Tíz évvel ezelőtt hatalmas földrengés pusztított Tokióban, és örökre megváltoztatta a város lakóinak életét. A várost azóta újjáépítették, és az élet lassan visszatér a normalitás látszatához. Az újjáépített metropolisz fátyla mögött azonban egy másik világ rejtőzik, egy olyan világ, amelynek baljós titka van. A földrengést, amely eredetileg elpusztította Tokiót, valójában egy titokzatos és halálos árnyékvilág, az Eclipse megjelenése okozta. Most cselekedni kell, hogy meghiúsítsuk a Napfogyatkozás légióit, és biztosítsuk a béke védelmét!

A Tokyo Xanadu frissített változata tartalmazza a játék összes DLC-jét és a történet átdolgozott lokalizációját.